Shinichi Kudo je priznan srednješolec, saj je njegov oče slaven pisec kriminalnih romanov, njegova mati igralka, on sam pa srednješolski detektiv, ki je rešil vse primere, v katere se je zapletel.
Vendar pa se v nekem primeru Shinichi nevarno približa kriminalni skupini, ki se imenuje Men in Black. Le-ti ga obkolijo in ga zastrupijo z novo razvitim strupom ter odidejo. Shinichi se zjutraj začuden zbudi v telesu osnovnošolskega dečka, ki mu pa prijatelj profesor Agasa pomaga s svojimi raznoraznimi elektronskimi pripomočki. Tako se Shinichi, sedaj poznan kot Conan Edogawa, naseli k svojemu dekletu Ran, katere oče pa je zasebni detektiv, ki prezira Shinichija, saj mu prevzame vse primere. Conan pa seveda ne izda njegove prave identitete in s pomočjo Kogoroja Morija in Ran reši marsikater primer umora.